涉农环保机构职权分工不明。除环保部外，我国农业部、建设部、水利部、林业部等多个部门均负有保护农村环境的职责。但法律并未明确规定由哪个部门主管。“水里和陆地的不是一个部门管，一氧化碳和二氧化碳不是一个部门管，环保部对水环境质量和水污染防治负责，水利部对水资源保护负责，环保部管二氧化碳，而一氧化碳归另一个部门管理，类似‘九龙治水’的事还有很多”④。执法主体众多且职权分工不明，导致各部门争相管理对己有利的行政事务，对己不利的行政事务则相互推诿。
环保执法部门缺乏管理独立性。由于环保部门的宗旨与地方政府的目标并不统一，这决定了环保部门常常因“阻碍地方经济发展”而不受重视。作为政府的职能部门，环保机构没有管理独立性，其行使权力的首要依据是地方政府官员的意志及地方政策而非法律。
农村环保执法缺乏公众参与。长期以来，政府一直是环境执法的唯一主体，特别是在农村偏远地区，极少发挥公众在环境保护执法中的作用。多数农民的环保意识淡薄，不了解环保知识；大众传媒迫于成本对农村环保执法公开和监督的力度不够；环保组织也只限于流动式宣传。公众参与的缺乏一方面无益于鼓励农村居民自身的环保行为，另一方面使得农村污染企业有恃无恐：要么和环保机构“躲猫猫”，检查时规规矩矩，不检查时抓紧偷排；要么通过公关拉环保部门下水，少数环保人员甚至与污染企业沆瀣一气，充当其保护伞。
农村环境保护基础设施落后。环保部2013年“两会”期间公布的调研结果显示：全国4万个乡镇、约60万个行政村里，绝大多数没有环保基础设施。与此同时，农村土壤和水污染，对环保监测和治理设施质量和水平提出了更高要求。但现实状况是多数乡镇政府财政困难，农村污染治理的资金来源匮乏。
国外城镇化进程中环保执法的成功经验
美国、欧盟和日本等西方发达国家在城镇化进程中所采取的一些防治农村环境污染的成功做法，对化解我国当前农村环境治理工作中面临的难题有一定的启示。
统一环境保护立法和执法。在美国，联邦环境保护局直属于总统领导，全面负责环境管理和法案的执行。环保局规模大，其下设若干办公室和大部，还根据区域设立各区办公室。其中，办公室和大部负责管理专门事务和对不同类型污染源的控制及研究开发工作，研究制定环境法律的实施细则和规划；而各区办公室则负责本地区的污染控制、治理、监督和处理跨州污染争议等环境执法工作。这种模式的优势在于，能“更好地保证立法之间的统一性，防止立法之间互相重叠或矛盾，更好地保证环保执法的效率”⑤。
加强基层环保执法主体建设。日本注重基层环保执法主体的建设，各市町村政府均设有相应的环保职能部门，如坂城町政府就内设居民环境课，并下设环境保全股⑥，将环保执法延伸到自然村。
