部门利益优先。深入研究政府决策权力的组织结构，从横向来看，政府是拥有不同决策权力的多个部门的集合，从纵向来看，又分为中央与地方政府。各个部门利益与政府集体利益、地方利益与中央利益不总是一致，甚至相互冲突，因而容易出现部门利益与社会利益、地方利益与中央利益的博弈，做出的制度安排有可能不利于产出的增加。我国近年来部门利益和地方利益有强化发展的趋势，“部门利益优先”容易引发“政出多门”甚至不同决策之间相互冲突，不仅耗费资源而且侵犯个人权力甚至社会公众利益。如2013年3月上海黄浦江松江段水域漂浮大量死猪，最终打捞出死猪累计超过10000多头，尽管上海市政府及时采取紧急措施避免此事故影响生活饮水的水质，该事件依然在国际国内产生不良影响。也就是说，在中央—地方存在委托代理关系的情况下，由于地方政府官员自身的最大化目标与社会的最大化目标存在着不一致性，地方政府部门很可能产生机会主义行为，根据自身的最大化目标制定、执行与中央所期待的、与社会整体福利不一致的决策，继而对社会的福利函数产生负面影响。
强势利益集团干预政府决策。每个国家都存在许多不同的阶层和利益集团，但是这些利益集团对政府决策的影响强度不同。强势利益集团通过给政府决策者提供政治捐款、引导社会舆论方向等，使得政府决策者作出有利于本集团的制度安排。如日本企业界和财界对政府决策影响非常大，通过向有影响的政府议员提供政治捐款、参与政府决策咨询、聘用离职官僚、舆论工具、操纵首相人选等影响日本80%以上的决策权。之所以会出现强势利益集团干预政府决策的情况，除政府官员追求个人自利的因素外，还有一个主要原因是弱势利益集团往往人数众多，力量分散，且存在普遍的“搭便车”心理，难以将本集团的利益需求诉诸政府官员。另一方面，政府官员受个人业务知识有限以及对于广大弱势群体的利益诉求掌握信息不完全的影响，本身就有可能在决策的制定上出错，加上受到强势利益集团的影响，决策无法顾及弱势利益集团的情况也就更加容易发生。概括来说，强势利益集团影响政府决策的危害，主要在于容易造成社会资源垄断，使得生产要素价格与市场需求相背离，导致市场这只“看不见的手”失灵，最终导致社会整体的资源配置效率低下，从而降低社会总产出水平。
当然，不容否定的是，尽管存在着上述一系列的不利因素，但国家作为“一种具有垄断权的制度安排”，仍然有利于社会发展，原因有以下几点：第一，个人产权依赖于国家权力而存在。排他性是产权的天然权利，需要在暴力方面具有比较优势的组织来界定和提供保护，国家借助军队、警察等合法暴力体系等来对抗偷盗、抢劫等非法暴力对个人产权的侵犯，因此国家的存在是个人行使产权权利的保障。第二，提供公共物品。经济活动的外部性使得投资者在个人收益低于社会收益时不愿意进行私人投资，或产生“搭便车”行为，使得这类商品的供给数量低于社会正常的需求量，造成供给不足。如果由国家来提供，可以避免“搭便车”现象，实现规模经济，改善社会每个成员的总福利水平，如抗击“非典”，打击假冒伪劣商品、环境保护等，由国家来提供比由私人提供显然更节约成本，效率更高。第三，制度创新。任何一个国家的繁荣都离不开制度创新，我国改革开放三十多年所取得的伟大成就表明相对于土地、资本、管理、技术等生产要素，制度是第一生产力，在推动经济发展中发挥了极其重要的作用。政府能够以低成本收集信息，了解社会的偏好，采取合理的措施，并借助暴力体系在短时间内迅速推广，因而国家在制度创新方面具有组织成本最低的优势。
但是，政府部门所具有的寻租动机和可能产生的寻租行为，终究决定了还是必须要构建相关的制度安排对其加以解决。要特别注意的是，这并不意味着要解决无效率的制度安排，就必须要取消国家、解散政府，而是应该限制政府的权力，对政府的决策制定与运行机制加以监督，对政府行使权力的方式与手段加以规范，因为“权力只有通过权力才能加以控制”。从西方国家的基本经验来看，构建相应的决策问责与纠错机制，不仅能够直接降低政府部门可能寻租的空间，而且也能够通过增加寻租的所可能付出成本，而从根本上降低政府部门寻租的动机和意愿，如美国《宪法》规定，如果政府官员被众议院弹劾或被参议员证明有罪必须辞职，这就直接加大了政府官员寻租的成本。对于中国而言，在全面深化社会主义市场经济体制改革的关键时期，由于市场和政府的边界还未得到完善和全面地划分和界定，这其中可能寻租的空间和机会也相对较多，从这一角度而言，构建决策问责与纠错机制，在当前的中国无疑显得非常的重要和必要。
