《民促法》出台后至2013年：要求平等地位和财政扶持
在2002年《民促法》出台后，要求“平等地位”和“财政扶持”的议案和提案构成了此时期的政策焦点。
在涉及“平等地位”的讨论上，来自湖南省的任玉奇代表在2008年、2009年各联名了30位代表，要求对《民促法》进行修改：给予民办学校与公办学校、民办学校教师与公办学校教师以同等法律地位和待遇；给予民办学校在土地、税收、教师待遇等一系列财政和政策支持。来自湖南的王石齐在2012年联名了59位代表，建议打破身份歧视，让民办学校老师也能享受到公办教师的同等待遇。
政协提案亦是如此。在跨度30年的政协提案中，涉及“平等地位”的有11条，除了1988年的2条涉及民办学校教师待遇与公办一致外，其余的都产生于《民促法》出台后。
另外，在要求“财政扶持”的讨论中，直接提出要求“财政扶持”的提案密集出现在《民促法》出台之后——在1986年仅有1条，第二次出现在2003年，相隔17年之久。2004年左右的提案高峰内容多涉及从企业改制和剥离的民办学校需要财政补助。除此之外，提案中还有涉及“税收”优惠和减免的提案有4条。
值得注意的是，对比《民促法》出台前夕和2013年修订前夕的议案，能够发现以下两个变化：一是随着时间的推移，“重点议案”越来越多，联名的人数有所增加；二是在内容上，《民促法》出台前夕的议案针对的内容更加具体，而到2010年后，相关议案所涉及的范围越来越广，并且都更加强调对于平等权利的重视。
在《民促法》出台之后，人大和政协中的相关内容一度“冷清”，即便是2004年《民办教育促进法实施条例》出台前后，鲜有关于促进民办教育发展的相关议案和提案。2007年，人大议案和“促进类”提案均开始“回温”。议案围绕着对《民促法》的修改而展开，并一直保持着一定的数目，且在2012年达到峰值，为6件。此间的“促进类”提案的变化在2009年有所回落外，基本上保持着较大的数量。
此时期，围绕着民办教育的问题，人大议案与政协的“促进类”提案的呼应性很强，而议案、提案内容都与政策发布的周期有较高的一致性。
最大的争议：“合理回报”是否合理
在“97条例”出台之前，自1996年起，全国人大就已经开始对民办教育的立法工作展开调研和起草。2002年6月九届全国人大常委会第28次会议上，《中华人民共和国民办教育促进法(草案)》(以下简称《草案》)首次被提请审议。对《草案》前后共进行了4次审议后，才得以通过。
其立法时间之长，共识达成难度之大，是在其他教育类法律立法过程中不曾出现的，而其中最大的争议莫过于围绕着 “合理回报”是否合理而展开。
综合审议意见和两会代表和委员的发声，支持“合理回报”的理由主要有：
教育属于公益事业，在这个前提下，合理回报是一种对举办者的扶持与奖励，并不属于营利性质。例如，2001年，时任南开大学校长的侯自新提出，为了调动社会各界投资教育的积极性，“特别是非义务阶段的教育，又有‘投资’的属性”。
根据我国国情，大多数办学者还是属于投资办学，若不允许合理回报，就没有办学的积极性。例如，来自广东的唐淑蓉代表就认为，从现实角度入手，“投资人不是慈善家”，《社会力量办学条例》和《中外合作办学暂行规定》中“不能以营利为目的”的规定既不利于促进民间投入，也不利于办学体制和形式的多样化和多元化，因此建议删除。
《教育法》中存在“合理回报”的法律空间。时任八届全国人大教科文卫委副主任委员杨海波提出，《教育法(草案)》当年在审议时，将原有的“教育事业不得营利”的表达修改为“不得以营利为目的”，实际上就是为民办教育投资者取得合理回报预设了一点空间。
反对的理由主要有：
“合理回报”在本质上就是营利的，违背了原《教育法》中“不得以营利为目的举办学校”的规定。就是说，教育的公益性必须通过其非营利来体现，而合理回报与营利难以划清界限。
不符合国家对教育实施优惠政策的初衷，容易导致税收和土地政策紊乱。此时，“合理回报”会将营利性和非营利性教育机构混在一起，会导致税收政策的紊乱。即使要允许一些民办学校取得一定回报，也不能与《教育法》有明显抵触，并且对以营利为目的的学校也不得给予公办学校相同的优惠条件。
“合理回报”并非合适的法律用语，也缺乏客观具体的标准。
吸引投资办学主要靠税收优惠，而不是“合理回报”。
即便是要给予办学者鼓励，也不能通过这种自取、自留的方式，而是应该由政府设立“民办教育奖励基金”来奖励办学者。
在《民促法》出台后的2003年至2006年间，涉及民办教育的人大议案和“促进类”提案都较少。直到2007年开始，人大开始陆续出现要求对《民促法》进行修订的议案。除了以上提到的“财政扶持”和“平等权利”，也有不少涉及“合理回报”的问题。代表们一致认为，“合理回报”的规定在现实中难以操作。
具体解决的路径分为两大类：
第一，“合理回报”的规定非常原则化，需要明确“合理回报”的比例。王元成代表在2009年建议，把“取得合理回报的具体办法由国务院规定”删除，增加“民办学校的出资者可以在每学年结束时以学校办学结余额为基数以略高于社会平均利润率的百分比进行投资回报分配”。
第二，取消“合理回报”的规定，并对民办学校进行“营利性”和“非营利性”的改革。持此观点的全国人大代表有来自江苏省的沈健。钟秉林委员则认为，只有区分了“营利性”与“非营利性”，才能进一步明晰民办学校的法人属性，从而解决财政扶持、税收政策、会计制度等一系列问题。
