第三，加强智库方法论研究，强调创新思维和复杂性思维。
黄顺基教授强调要应用社会系统工程方法，就是在新形势下处理新问题的新方法，它的核心就是从定性到定量，“总体设计部”就相当于智库；智库不仅具有知识与信息采集、存储、调用、分析与综合的功能，更重要的它是具有产生新知识和新智能、智慧的功能，它可以用来研究理论问题，又可以用来解决问题。
人大马克思主义学院教授冯景源提出，所谓智库就是人的智慧的集中，智库是用脑子建立的，它是社会智库，是社会需要的智慧；社会智库应该是有智慧的人的思想碰撞的结果，智库是适应社会需要的具有创造性思维的一些人的理论、智力的碰撞，不是哪一个人独断来搞的。智库要重视方法研究，如马克思“从后思索”方法、“超逻辑”方法等；马克思主义不是教条，不是框框，马克思主义是一个解放思想的理论，要完整地理解原生态的马克思主义。
中国信息经济学会名誉理事长、人大信息学院教授陈禹强调，最基本的理念和最基本的研究方法是一个智库建设的生命力；认识复杂系统，中国经济、中国社会是一个复杂系统，要摒弃那种简单化的绝对化的思维方式；基础理论研究、政策研究、现实问题研究三个方面要互相支撑。
人大国发院研究员、国际关系学院教授任剑涛认为，考虑问题的复杂性思维，要有边际考量，认识问题的复杂性和解决问题的简约性要匹配；致力于用智库解决中国问题，而不是把中国问题和中国撕裂掉了；智库不是表达立场，而是着眼于解决问题。
第四，针对现实问题，提供新的工具和举措。
人大国发院副院长伍聪介绍了人大国发院在探索新型智库建设方面的经验。
北京市委《前线》杂志研究室许海分析了北京智库建设存在的问题，突出的是创新性不足、积极性不足、协同性不足、影响力不足，提出未来的思路和建议：第一，要改变观念，实现政府治理理念的转型，更加注重社会组织在经济社会发展的作用；第二，要营造一种创新的文化环境；第三，要提供高质量的信息产品；第四，要构建适用于智库产品能够创造而且发挥作用的通道；第五，要营造有利于科学发展和协同发展的机制，包括中央和地方的协同、自然科学和社会科学的协同、国际和国内研究力量的协同，等等。
北京航空航天大学公共管理学院教授杨爱华从项目管理角度提出了看法，如智库成果购买等；认为中国人有智库建设的长远历史，要把已有的人才含量、已有的资源含量把它们整合起来；要注意有的创新案例的负面效应，以免造成对社会资源的浪费。
人大国发院研究员、公共管理学院教授杨宏山从知识利用的视角谈了关于智库建设的思路，决策本身需要知识和信息，包括思想系统利用的一个过程，要把原创性思维传递给相关机构；实际上存在一个好的决策和坏的决策两种情况，要做好决策，就要充分利用两方面的知识，即内部知识和外部知识。大学是一个新思想、新思路不断激发的地方，要把大学研究的知识跟实践的知识快速结合，建立一种运作机制。智库包括思想型的智库和政策型的智库：思想型的智库是提供创制的制度安排的新思路，具有原创性；政策性的智库是提供政策改进所需要的具体的创新性的手段、工具，要总结经验，可以推广和复制，让大家参考，通过识别能提供新的工具和方法。
林坚指出，要针对北京经济社会发展的基本趋势、有利条件和面临的挑战，围绕北京“十三五”规划思路，特别是提升城市规划管理水平、促进京津冀协同发展等方面，开展一系列协同创新的研究，形成系统的报告，探讨助力北京发展的政策建议。
来自香港的民间学者林子提出构建“中国学研究平台”，多种观点都融入这个开放的平台；有位领导说得好：离开了领导的研究是白研究，离开了研究的领导是瞎领导；要有所为，有所不为，专注于某一个方面，围绕国家的发展和战略非常重要；要建立工作机制、经营平台；搞智库，要跟踪世界发展和社会出现的动态，每天发生的事情一定要跟踪；要做田野调查和深度调查研究，不能想当然，需要对一个问题长时间的思索；民间和官方、大学要相互交流、对话。
会议认为，要开展多学科的对话和合作，立足中国国情和首都特色；智库建设与两界工作的融合问题，最终落在研究成果的转化运用上，要以具有可操作、针对性的制度和措施来给予回应。
